Гравець управляє кораблем, вирішальним долю Галактичної Федерації. Корабель повинен пройти ряд секторів, стрибаючи між прыжковыми маяками, щоб досягати чергового віддаленого маяка-виходу, що знаходиться в кінці кожного сектора. У кожного маяка відбувається та чи інша нова зустріч: з випадковими ворогами, нейтральними найманцями, торговцями або навіть дружніми союзниками Федерації, готовими надати допомогу.
FTL відноситься до піджанру рольових/стратегічних ігор, відомому як «roguelike»; це старий жанр, характеризирующийся випадкової генерацією рівнів і постійністю смерті головного героя. Система збереження в FTL відсутня, але гравець може заморозити гру, щоб повернутися до неї пізніше.
Гра включає 9 видів кораблів, що розрізняються за стилями геймплея. Спочатку доступний тільки корабель типу «Кестрел», інші кораблі розкриваються за допомогою спеціальних квестів і подій. Компонування кожного корабля фіксована, але шляхом розкриття 2-х з 3-х досягнень корабля можна отримати інший варіант корабля, з трохи відмінними зовнішнім виглядом і стартовою екіпіровкою. Кораблі можна оновлювати за допомогою додаткових систем і приростів, доступних у певних торговців. Іноді оновлення вже встановлені на кораблі.
Бій
На відміну від інших космічних симуляторів, гравець не може безпосередньо управляти своїм кораблем; управління піддаються окремі системи і зброя. Команду корабля, розташовану в різних бортових кімнатах, можна направляти у відношенні таких дій, як стрільба, лагодження корпусу і комплектування систем. Гравець повинен вивіряти баланс між захисними і наступальними системами, обмежуване запасом енергії. Бої відбуваються в реальному часі, але завжди можна зробити паузу. Під час бою ігровий і ворожий кораблі відображаються статичними кадрами.
Команда
У FTL є 6 інопланетних рас, що володіють унікальними перевагами і недоліками. Кожен корабель починає зі своєю расою: наприклад, в «Кестреле» сидять люди. Представників інших рас можна знайти під час зустрічей або найняти на торгових постах. Будь-який корабель може вміщувати не більше 8-ми членів команди.
Корабельна команда керує різними системами, забезпечуючи додаткові бонуси для систем і лагодячи несправності. При цьому навички персонажа в конкретній справі поступово зростає, що дозволяє отримувати дуже ефективних майстрів. Члени команди можуть вмирати і губитися назавжди. Персонажів з малим запасом здоров'я можна зцілювати.
Список рас і їх чорт:
Люди: не володіють специфічними рисами.
Дв: подвоєна швидкість ремонту, вдвічі менший шкоди в бою.
Мантіс: бойовий шкоди х2, швидкість пересування х1.2, швидкість лагодження х0.5.
Рокмен: імунітет до вогню, швидкість пересування х0.5, здоров'я +50%.
Слаг: розпізнає форми життя, не вдаючись до допомоги сенсорів.
Золтан: забезпечує харчування пілотованої системи, здоров'я х0.5.